政府採購法第六章第74條至第86條特設工程「異議及申訴」制度，以解決工程、採購方面的爭議，得提出異議及申訴的爭議事項包括關於招標、審標、決標、履約或驗收之爭議。但關於私法上的爭議，已提出仲裁、申請調解或訴訟者，即不能再提異議及申訴（第74條）以下介紹此一制度。

　一、異議

　　異議是向辦理採購（含工程之定作）的機關提出的程序。廠商認為機關違反法令，致其受到損害，可以向機關提出異議。

　　提出異議通常應在十日內以書面提出。

　　機關應在收到異議之日起二十日為適當的處理，並將處理結果以書面通知提出異議的廠商（以上見採購法第七十五條、七十六條）。

　　異議程序屬機關之自我檢討程序，從採購法看不出對機關有直接約束力。收到異議，機關如果應改而不改，並未有直接效力方面的規定，只是，機關可能面臨異議者不服，繼續向採購申訴審議員會申訴，或將來之內部行政處分而已！

　　採購法第七十五條第一項第一至三款列舉對招標文件、採購過程、結果提出異議之時間，並未列舉對「履約或驗收」（第七十四條）提出異議之時候，存有遺漏，甚至令人懷疑對「履約或驗收」不能異議，但對照第七十四條列舉了對履約及驗收也可以提出異議及申訴，另進一步依第七十六條提出申訴係以「對異議之處理結果」不服或不處理為要件，因此，如果對「履約或驗收」之爭議不能異議，無異亦不能隨之提出申訴，顯非第七十四條列舉履約或驗收之本意，因此，應認為七十五條對履約或驗收之異議時效，確有疏漏。至少，應解釋為「自知悉或可得而之十日內提出異議」。

　　相對於申訴、調解、仲裁、訴訟等由「第三人」之機關處理爭議，異議制度是由機關與異議人之間處理爭議，是其重大特色，堪稱是符合本文前面一再強調之「柔軟性原理」及「繼續性原理」，係最不會打壞雙方關係之爭議制度！但若期待其能發揮「自我解決」之功能，也必須期待機關的心態，以及建立自我檢討之制度，或許強化法制單位之功能，可解決部分問題。

　二、申訴

　1、 採購申訴審議委員會

　　　行政院採購暨公共工程委員會及直轄市、縣（市）政府為處理中央及地方機關採購之申訴，分別設置「採購申訴委員會」置委員七人至十五人，其中二人為官員派兼，其餘委員聘請具有法律或採購相關專業知識之公正人士擔任（八十六條）。地方政府未設申訴審議委員會者，得委請中央主官機關處理（七十六條）。

　2、程序

　　　廠商對於「公告金額以上」採購異議之處理結果不服或招標機關逾期不處理者，可以在十五日內，以書面向中央或地方採購申訴審議委員會申訴。

　　　申訴應寫申訴書，載明申訴廠商，被申訴機關、事實、理由、證據、年月日。並可委任代理人申訴。

　　　申訴書狀應備副本予被申訴機關，申訴機關應在接到副本之日起十日內向申訴委員會陳述意見（答辯）。

　　　申訴審議委員會應在收到申訴書之日起四十日內完成審議，必要時得延長四十日（招標、審標、決標之申訴）或延長三個月（履約、驗收之申訴），比起訴訟、仲裁，可以說是快的。

　　　申訴逾越上述期間或不符法定程式者，不予受理。但其情形可以補正應定期命補正（通常是不符程式之部分，如日期未寫、未附委任狀、證據尚不足、事實理由尚待補充等，逾越期間則不能補正）。

　　　通常，申訴委員會的審議，依雙方提出之書面資料進行審議，必要時依申請或依職權，通知當事人到指定場所陳述意見（言詞）；必要時得囑託鑑定。

　　　注意！委員會可以依規定，向申訴人收取審議費、鑑定費及必要費用（八十條）在審議判斷前，委員會必要時得通知招標機關暫停採購程序（八十二條第二項）。

　3、當事人之柔軟性處理

　　　在申訴審議委員會做出審議判斷以前，機關及申訴人仍然可以做「柔軟性處理」。申訴機關經評估，認為申訴有理由者，應自行撤銷、變更原處理結果，並通知申訴審議委員會（第八十四條）；申訴廠商也可以撤回（八十一條），但一經撤回，不得再行申訴。

　4、審議判斷及其效力

　　　原則上，申訴審議委員會應在接受申訴書之日起四十日內做出「審議判斷」（也可延四十日或三個月）。

　　　審議判斷有兩種可能：（一）原採購行為無違反法令(申訴駁回)；(二)原採購行為違反法令(申訴有理由)。但以後在實務上說不定會出現「未違反法令，但有不當之處」的第三種可能。

　(1) 申訴駁回

　　　廠商之申訴認為無理由者，其申訴將被委員會審議「申訴駁回」(或申訴無理由、採購行為未違反法令)，至此，異議及申訴程序終結。但申訴人可否再提起民事訴訟或依仲裁條款提出仲裁？並無「不可」之規定(無「失權效力」之規定)，但在民事訴訟或仲裁程序中，「未違反法令」之審議判斷，自然成法院或仲裁人之參考資料，至於「參考」到什麼程度，就要以後看各地委員會的表現了，但應有相當參考的份量。此外，申訴人可否再依訴願程序救濟？原則上應不可以，因為，審議判斷依其性質視同「訴願決定」(第八十三條第一項)。

　(2) 申訴有理由

　　　如申訴人之申訴被委員會認為申訴有理由(採購行為有違反法令之處)，委員會並得建議招標機關處置之方式(八十二條一項)，此項判斷及建議，對招標機關的拘束力如何？政府採購法規定，招標機關應另為適法之處置(八十五條一項)，但招標機關不依建議辦理者，應報請上級機關核定，並由上級機關以書面向採購審議委員會及廠商說明理由(八十五條二項)，因此，只要上級機關對採購機關的支持，審議判斷對採購機關似無拘束力。

　　　然而，關鍵點還是在於申訴問題性質！如申訴問題的性質屬於申訴人與機關間之私法上的爭議(尤其是在履約、驗收方面之爭議，必涉及私法、私權爭議；又如，招標問題影響申訴人自己是否能得標等等)，委員會認為申訴有理由之審議判斷，具有「調解方案」之性質(八十三條一項)。

　三、分包之中小企業對異議、申訴之參加、代理

　　前述關於異議及申訴之當事人，依政府採購法之相關規定，是就「機關」與得標廠商或尚未決標時之投標人，並未對分包之中小企業之異議或申訴做直接規定，徵諸我國工程實務，分包廣為業界運用，對機關之採購貢獻極大，但採購法未直接建立分包中小企業之異議、申訴制度，誠屬美法之一大缺陷。本文建議修法或於施行細則或相關之申訴審議規則中，一併納入有關分包中小企業之申訴管道。

　　縱或未納入，分包之中小企業亦可以異議或申訴「參加人」或代理人之身份，於得標廠商或投標廠商異議或申訴時，其同行動。因為，像工程履行、驗收等相關問題，分包之中小企業就是影響極大之「利害關係人」，即使是訴訟，亦是訴訟參加人。像政府採購法第六十七條第三項規定，分包廠商就其分包部分，與得標廠商建連帶負瑕疪擔保責任，還有像保固、工期、變更工程、驗收等等問題無不影響到分包廠商之權益，其以「參加」或代理人之身分其同參與爭議之解決，亦符爭議經濟之原理。