中小企業廳長官亦為主管機關，同樣享有檢查權及命發包事業及承攬事業提出報告之權（第九條第二項）。此為中小企業廳長官有「調查權」（第六條）的具體措施，如中小企業廳長官認為發包事業有違反本法之事實者，可以要求公平交易委員會依本法之規定為必要的措施（即前述 之「勸告」）。