合作經營合同可分成兩類，一是單純的合作，雙方合作投資但並未就此另外具體組成一個法人組織來經營；另一種是投八雙方合作另組成一個法人來經營。

合作經營與合資主要有以下兩點不同：

第一點是合作經營，其經營方式比較抽象、鬆散，在合作經營合同中可規定台商得提前收回投資，而合資則一定要屆滿合資期限，如二十年後台商才可以分配公司資產，但合作經營可以提前收回資產，例如台商依合作經營投資了一千萬，此一千萬可以分二十年，以一年領回五十萬方式領回，當然二十年屆滿的時候，合作經營企業之資產全部歸屬對方所有。值得注意一點，有時合資中未約定台商可以事先取得資產的分配，而僅在合約內約定合資期限屆滿時，所資產均歸大陸之一方，到結束合資時再謊稱大陸的規定即是如此，其實這各模式實質上就是雙方合作經營，台商可以還擇以合作經營提前收回資產。

第二點合作經炎與合資之主要不同就是，合作經營比起合資，其分配比例較為靈活，如前所述，若雙方各山合資資本之一半，而約定台商利潤分配較多的話，則該合資合同有可能因違反平等互利而無效。但在合作經營中即無此問題，因合作雙方所出之合作條件並未硬性認為出資，所以可以依照雙方之約定來分配利潤。

綜合上述兩點分析，似有合作經營較合資經營為佳之印象，惟實際上其間利弊參半，由於大陸直到一九八八年才有合作經營法之立法，其合作經營的案例畢竟較少，所以投資雙方較無此方面之經驗，所需面對解決之問題較無法去預為籌畫，所以投注之心力也會較大。相對的，合資經營之案例已經非常多，大陸與台灣對此已有較多的經驗。

在台商投資合同中，技術轉讓事項部分，有的只有簡單的一兩條規定而已，有的合同則就技術轉讓事項，規定相當多的條款。依據經驗，有關技術轉讓合同中，從法律專業角度審視之，可以發現台商所負之責任或義務，如提供有關技術文件、保障產品品質等約定，對台商而言相當的繁重，因此建議台商，在面對此種技術轉讓條款時，應對本身若違反約定義務時，所負之違約責任，至少設定一賠償上限，例如以不超過折抵投資總額（例如，百分之五）或是不超過一定金額為台商賠償之上限。此外技術轉讓合同依據大陸法令規定，亦需經有關機關批准才可生效，此點具有官方保護大陸方之意味。

在台商投資合同中，亦經常可以見到包銷合同，即台商應就合資生產之產品，負一定比率之外銷保證責任，若產品無法達到一定比率，如百分之七十時，台商需因此負違約賠償責任。類此條款，因無法控制之因素相當多，故硬性規定百分之七十的產品外銷責任，對台商而言相當危險，最好不訂，如果要訂，適當做法，應是將硬性的外銷責任，改為較具彈性的約定，例如約定若產品外銷比率已達百分之五十時，台商不負違約賠償責任。

許多台商在正式到大陸投資前，會嘗試提供原材料，而委託大陸加工。委託加工應在合同中注意以下幾點：

（１）有關原料耗損率之問題，因為依據經驗，由於大陸員工等個人因素，所造成之原料耗損率，一般來　　　說相當高，所以為避免台商損失，有關原料之耗損率，應在合同中予以明定為佳。

（２）應約定原料在大陸一方加工期，其所有權仍歸屬台商所有。如此在大陸一方有事故發生時，該批原　　　料不至被牽扯進去，造成台商之損失。

（３）可以在合同中對成品之質量有所約定，甚至可以約定派遣一定之品管人員進駐該廠，以控制產品之　　　品質合乎台商之預期。

（４）加工期長短，亦可在合同中予以約定。

（５）如大陸一方違約時，違約金如何計算及可否由應支付大陸之工錢中予以古抵等問題，亦應在合同中　　　明確規定。

（６）相關保險問題亦應事先約定清楚。比如原料由台灣或外國，經由香港運至大陸工廠，在各個運程中　　　之保險費由何方負擔等問題。

常有台商在大陸投資取得土地，委由大陸工程單位來興建工廠或其他設施，其後因大陸一方之工程施工品質，未能符合台商或合約中規定之要求，而遭台商撤換原大陸工程單位，另以新工程單位替代時，發生原工程單位或人員，佔據工地不肯離去，妨礙工程繼續進行的情形。為避免此種情形發生，在工程承包合同中，應清楚約定，若工程品質不符台商或合約要求時，台方有權更換工程單位，大陸方不可佔據工地以為抗爭，而應另循仲裁或其他訴訟途徑解決之。

台商在大陸投資所需之廠房或土地，除買賣、興建取得以外，亦有以租賃方式取得者，此種租賃合同應注意以下幾點：

（１）租金漲富及頻率之控制，即應在合同中約定租金多久調漲一次，及每次調漲之富度其上限為多少，藉此以控制台商投資之成本。

（２）有關租賃物保養方面，其所生之保養費用，應由何方負擔，亦應在合同中清楚規定。